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Captain Tsubasa raconte l'histoire d'un jeune garçon passionné de foot nommé Tsubasa Ohzora.
Il emménagera avec sa mère dans la ville de Nankatsu. Son père est marin et peu présent.
Un jour, il rencontra une ancienne gloire du football Brésilien, un certain Roberto Sedinho.
Cette rencontre va changer la vie de Tsubasa. Ce dernier ira jouer dans le club du SC Nankatsu. Il y rencontra de nouveaux amis.
Il jouera son premier match contre l'équipe du redoutable gardien du club de Shutetsu, Genzo Wakabayashi...