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L'histoire se passe dans un monde où les pouvoirs surnaturels sont usage courant et où la magie est très présente. Dans la ville universitaire constituée de 2.3 million d'habitants, 80% sont des étudiants participant à un programme de développement du cerveau. Suivez les péripéties de Mikoto Misaka , maîtrisant l'électricité au niveau 5, le niveau de magie le plus élevé, et son amie Kuroko Shirai , spécialisée dans la téléportation et gardienne de la paix et de l'ordre dans l'université en tant que membre du groupe " ".